张阳教授科研团队在蛋白质糖基化生物信息学预测研究取得新进展

最近从Bioinformatics期刊传来喜讯，我院张阳教授科研团队的最新研究成果发表在Bioinformatics杂志上。该杂志由英国牛津大学出版社主办，是生物信息学研究领域的顶级期刊（五年平均影响因子6.968）。论文以太阳成集团tyc138为第一署名单位，张阳教授科研团队的研究生李富义为第一作者，我院校友、莫纳什大学在读博士研究生李晨为共同第一作者，张阳教授为第一通讯作者。

团队针对蛋白质糖基化位点展开研究，因为蛋白质糖基化位点是一种发生在真核细胞蛋白质中很复杂的翻译后修饰过程，在调节蛋白质功能、免疫过程、抗原识别、蛋白质折叠、亚细胞定位、配体识别和细胞间的相互作用等生物过程中起着非常重要的作用。研究表明一些疾病也与糖基化过程的异常有关，因此针对于蛋白质糖基化课题的研究具有重要的意义。该工作开发出新的生物信息学在线预测工具GlycoMine (http://www.structbioinfor.org/Lab/GlycoMine/)，用于准确地识别出人类蛋白质中三种常见的蛋白质糖基化位点。这一研究通过构建较为全面的人类蛋白质糖基化位点数据集，计算相应的序列特征、理化特征、蛋白质二级结构预测特征和功能特征等，并分别将最小冗余最大相关性（mRMR）和信息增益（IG）与增量特征选择算法（IFS）相结合，使用随机森林算法针对三种主要类型的糖基化位点构建特异性的最优特征子集，在此基础上开发了针对不同类型糖基化的在线预测模型，并对人类蛋白质组中含有的潜在糖基化底物进行了全面的预测和排序。GlycoMine这一生物信息学工具的成功开发，对于我们深入理解人类蛋白质糖基化位点的序列解学工具功能关系、重要新型糖基化底物的预测识别和糖基化生物机制的研究具有重要意义。

张阳教授带领的数据挖掘与机器学习科研团队通过与中国科学院天津工业生物技术研究所宋江宁研究员带领的结构生物信息学与整合系统生物学课题组、澳大利亚莫纳什大学医学院和信息技术学院的科研人员的通力合作，对于广泛存在于人类蛋白质组的三种主要类型的糖基化位点数据（N, C, O-糖基化）开展了一系列生物信息学预测研究，并取得了重要进展。

为了进一步开展与莫纳什大学宋江宁博士及其团队在蛋白质糖基化数据的分析研究，应宋江宁博士的邀请，张阳教授科研团队的李富义硕士研究生已于2月7日赴澳大利亚莫纳什大学，开展为期半年的科研和交流活动。

      （文章链接： http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2015/02/02/bioinformatics.btu852.long）

李富义硕士研究生在莫纳什大学

与莫纳什大学宋江宁博士（中）、我院校友李晨博士研究生（左）在生物化学与分子生物学学院合影